社員がミスをして業務に与える影響が大きかったとしても、「1日分の平均賃金の半額」を超える減給は法違反です。

各種の懲戒処分のうち、減給制裁に限っては、労基法に明文の規定が存在します(第91条)。

同条では、減給は「1回の額が平均賃金の1日分の半額を超え、総額が1賃金支払期における賃金の総額の10分の1を超えてはならない」と規定しています。
重大ミスで、業務に与える影響が大きかったとしても、「平均賃金の半額」を超える減給は法違反です。
例えば1つの事案で1日分の半額カットを複数回繰り返すといった対応は認められません。

これに対して、規律違反が数事案に及ぶときはその回数分減給の制裁をすることができますが、その総額は1賃金支払期の賃金総額の10分の1を超えることはできません。

例えば月給30万円で1日の平均賃金が1万円とします。
その場合30万円×10分の1=3万円が1カ月の減給制裁の限度額となります。

前提事項として制裁をする場合には就業規則に記載がないといけません。
経営者の気分・裁量で一方的に給与をカットすることはできないことになります。
減給する場合には、減給される事由(無断欠勤・遅刻など)を就業規則に明記する必要があります。